• Despacho Ministerial
• Secretaría General
  • Oficina General de Administración
  • Oficina General de Planificación y Presupuesto
  • Oficina General de Recursos Humanos
  • Oficina General de Tecnologías de la Información (potenciada con IA)
  • Oficina General de Asesoría Jurídica
  • Oficina General de Estadística y Tecnologías de la Información
  • Oficina de Integridad Institucional
  • Oficina de Control Institucional
  • Unidad Central de Inteligencia Artificial (UCI) – Nueva unidad transversal

• Viceministerio de Políticas Agrarias y de Supervisión
  • Dirección General de Políticas Agrarias
  • Dirección General de Supervisión y Fiscalización Agraria
  • Dirección General de Estadística Agraria
  • Dirección General de Seguimiento y Evaluación de Políticas Agrarias
• Viceministerio de Desarrollo de la Agricultura Familiar e Infraestructura Agraria y Riego
  • Dirección General de Agricultura Familiar
  • Dirección General de Infraestructura Agraria y Riego
  • Dirección General de Promoción de la Inversión Agraria
  • Dirección General de Agroindustria y Cadenas Productivas

• SENASA – Servicio Nacional de Sanidad Agraria del Perú
• ANA – Autoridad Nacional del Agua
• SERFOR – Servicio Nacional Forestal y de Fauna Silvestre
• INIA – Instituto Nacional de Innovación Agraria
• AGRORURAL – Programa de Desarrollo Productivo Agrario Rural
• PSI – Programa Subsectorial de Irrigaciones
• AGROIDEAS – Programa de Compensaciones para la Competitividad Agraria

• DRA Amazonas
• DRA Áncash
• DRA Apurímac
• DRA Arequipa
• DRA Ayacucho
• DRA Cajamarca
• DRA Callao
• DRA Cusco
• DRA Huancavelica
• DRA Huánuco
• DRA Ica
• DRA Junín
• DRA La Libertad
• DRA Lambayeque
• DRA Lima
• DRA Loreto
• DRA Madre de Dios
• DRA Moquegua
• DRA Pasco
• DRA Piura
• DRA Puno
• DRA San Martín
• DRA Tacna
• DRA Tumbes
• DRA Ucayali

Cada DRA cuenta con oficinas zonales, agencias agrarias locales y extensionistas rurales.